Nouvelles mesures pour la fiscalité de l’innovation

Publiée au Journal officiel le 15 février, la loi de finances pour 2025 introduit plusieurs modifications dans la fiscalité de l’innovation, impactant notamment le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d’Impôt Innovation (CII). Parmi les principales évolutions, la suppression des dépenses liées à la veille technologique et à la propriété intellectuelle dans l’assiette du CIR, ainsi qu’une réduction des frais de fonctionnement associés aux dépenses de personnel. Par ailleurs, les avantages associés au statut jeune docteur sont supprimés, modifiant les incitations à l’embauche pour les entreprises de recherche. Concernant le CII, il est prolongé jusqu’en 2027, mais avec un taux réduit à 20 %.

Le texte apporte également une précision sur la définition des subventions publiques devant être déduites du calcul du CIR. Elles comprennent désormais explicitement les aides versées par les personnes morales de droit public, mais aussi celles émanant d’organismes privés investis d’une mission de service public. Cette clarification vise à encadrer plus strictement l’imputation de ces aides dans le calcul du CIR.

Réduction des frais de fonctionnement et suppression d’un avantage pour les jeunes docteurs

Par ailleurs, le taux des frais de fonctionnement appliqué aux dépenses de personnel pour le calcul du CIR passe de 43 % à 40 %. Cela va conduire à une diminution des montants récupérés par les entreprises bénéficiaires du dispositif.

En parallèle, le doublement des salaires des jeunes docteurs dans l’assiette du CIR est supprimé. Jusqu’à présent, ce dispositif permettait aux entreprises d’intégrer ces coûts en les multipliant par deux, incitant ainsi à l’embauche de titulaires de doctorat en CDI. « La suppression du doublement des salaires des jeunes docteurs dans l’assiette du CIR réduit l’attractivité de leur embauche pour les entreprises », observe Maëlla Bostvironnois, consultante senior en Projets nationaux et Fiscalité de l’innovation chez Zabala Innovation. « Cette mesure risque de freiner l’intégration de chercheurs hautement qualifiés en CDI et d’affaiblir la compétitivité des entreprises en R&D », ajoute-elle.

Le Crédit d’Impôt Innovation maintenu jusqu’en 2027

Initialement menacé de suppression, le CII est finalement prorogé jusqu’au 31 décembre 2027. Cependant, son taux est revu à la baisse, passant de 30 % à 20 %. Cette mesure, qui concerne les PME développant des produits innovants, s’applique rétroactivement au 1er janvier 2025.

Bien que la prolongation du CII apporte de la stabilité aux entreprises, la diminution du taux pourrait affecter l’attractivité du dispositif. « Cette diminution  risque de freiner les investissements en innovation des PME et limiter leur compétitivité sur le marché », analyse Mme Bostvironnois. De nombreuses entreprises devront donc réévaluer désormais leur stratégie de financement de l’innovation à la lumière de ces ajustements.

Maintien des exonérations pour les Jeunes Entreprises Innovantes

Parallèlement à la loi de finances, le statut des Jeunes Entreprises Innovantes (JEI) a fait l’objet d’une petite réforme dans le cadre de loi de financement de la sécurité sociale. Dans un premier temps, le gouvernement voulait supprimer les allègements de charges sociales accordés aux JEI et aux jeunes entreprises de croissance dans son projet de loi, déposé en octobre 2024. Finalement, après débats, cette suppression a été abandonnée. Ces entreprises continueront donc à bénéficier de leurs exonérations de cotisations sociales, un coup de pouce essentiel pour soutenir l’innovation et la croissance des start-ups en France.

Cependant, le seuil minimal de dépenses en R&D a été relevé de 15 % à 20 % des charges totales pour bénéficier du statut JEI. Ces modifications entreront en vigueur le 1er mars. Elles concerneront les cotisations et contributions dues pour les périodes de travail à partir de cette date.

Avec ces nouvelles orientations, le cadre fiscal de l’innovation en France évolue vers une rationalisation des dépenses éligibles et une révision des incitations. La loi de finances pour 2025 durcissant le cadre du CIR, « les entreprises doivent dès à présent anticiper ces ajustements afin d’adapter leur stratégie de financement et d’innovation », conclut Mme Bostvironnois.