Les dispositifs de la fiscalité de l’innovation à l’épreuve du budget 2026

L’automne approche, et avec lui le traditionnel rendez-vous budgétaire. Comme chaque année, les entreprises innovantes guettent les premiers signaux venus de Bercy. Pour l’heure, aucun projet de loi de finances pour 2026 n’a encore été déposé et on ignore encore quel gouvernement pourra le faire. Ce lundi, le Premier ministre François Bayrou doit affronter un vote de confiance dont l’issue incertaine pourrait entraîner sa démission et ouvrir une période de transition. Cette incertitude politique nourrit les interrogations sur la stabilité du cadre fiscal de l’innovation, alors même que les dispositifs ont déjà été retouchés en 2025.

Crédit d’Impôt Recherche (CIR)

Sur le terrain, les règles ont changé depuis le 15 février. Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR), premier levier fiscal français en faveur de la R&D, a vu son périmètre réduit. Les frais liés aux brevets et certificats d’obtention végétale, tout comme la veille technologique, ne sont plus éligibles. Le mécanisme Jeunes Docteurs a été supprimé. Quant au forfait de fonctionnement appliqué aux salaires de R&D, il est désormais fixé à 40 %, contre 43 % auparavant. Ces mesures, inscrites dans la loi de finances pour 2025 et précisées par un décret publié au Journal officiel le 18 juillet, obligent désormais les entreprises à scinder leurs dépenses selon qu’elles sont antérieures ou postérieures au 15 février.

Ce resserrement de l’assiette intervient alors que les dernières grandes évaluations disponibles remontent aux travaux de la Commission nationale d’évaluation des politiques d’innovation. Dans ses avis de 2019 et 2021, ces instances rappelaient que la réforme de 2008 avait produit un effet tangible : les entreprises bénéficiaires ont accru leurs dépenses de recherche d’un montant proche de l’aide perçue, avec un impact plus marqué dans les petites structures que dans les grands groupes. La Cour des comptes, dans son rapport de 2021, avait également insisté sur cette efficacité différenciée, notant que la générosité française restait l’une des plus élevées de l’OCDE rapportée au PIB.

Crédit d’Impôt Innovation (CII)

À côté du CIR, le Crédit d’Impôt Innovation (CII) poursuit sa route. Réservé aux PME pour la conception de prototypes et d’installations pilotes de produits nouveaux, il a été prorogé jusqu’au 31 décembre 2027, au taux de 20 %. En 2022, dans son document de travail n° 887, la Banque de France observe des effets positifs du CII sur l’emploi à court terme, le chiffre d’affaires à moyen terme et le lancement de nouveaux produits. Les économistes rappelaient toutefois que l’effet de substitution avec le CIR devait être pris en compte.

Statut Jeune Entreprise Innovante (JEI)

Le troisième pilier du dispositif français, le statut de Jeune Entreprise Innovante, a également été retouché en 2025. La loi du 28 février (de financement de la sécurité sociale) a relevé de 15 % à 20 % le seuil de dépenses de R&D à engager pour en bénéficier. Le Bulletin officiel des finances publiques détaille ce changement, qui conditionne l’accès aux exonérations fiscales et sociales attachées au statut. Selon une étude de l’Insee publiée en 2021, le JEI a eu un effet positif sur l’emploi total et en R&D, sans impact significatif sur les salaires. La Direction générale des entreprises, dans une synthèse rétrospective publiée en 2020, estimait que le dispositif avait permis de réduire d’environ 13 % le coût de la main-d’œuvre qualifiée et de favoriser la création d’emplois de recherche.

Une période d’incertitude

Dans les couloirs des petites et moyennes entreprises, ainsi que dans les grands groupes, l’heure est donc à la mise en conformité avec ces nouvelles règles, tout en attendant de connaître les arbitrages budgétaires. Pour l’instant, aucun signal n’indique un nouveau changement en 2026. Mais le contexte politique ajoute de l’incertitude.

En attendant la présentation officielle du projet de loi de finances, prévue fin septembre, les entreprises doivent composer avec le droit tel qu’il a été redéfini en 2025. Les études disponibles, bien que datant d’avant ces réformes, confirment que le CIR, le CII et le statut JEI produisent des effets mesurables sur l’investissement en recherche et sur l’emploi scientifique. C’est dans ce cadre que s’ouvrira dans les semaines qui viennent la séquence budgétaire pour l’année prochaine.