Crédit d’Impôt Recherche ou Innovation ? Lequel choisir ?

En France, l’État soutient depuis longtemps les entreprises qui investissent dans la recherche et l’innovation. Deux dispositifs fiscaux phares existent : le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d’Impôt Innovation (CII). Tous deux permettent de réduire l’impôt sur les sociétés ou l’impôt sur le revenu, en contrepartie de dépenses engagées dans des projets innovants.

Mais depuis février 2025, les règles ont évolué : suppression de certains avantages du CIR, baisse du taux du CII… De quoi semer le doute chez de nombreux dirigeants d’entreprise. Alors, entre CIR et CII, lequel choisir ? Et surtout, comment comprendre leurs différences ?

Deux dispositifs complémentaires

Le CIR, moteur de la recherche

Le Crédit d’Impôt Recherche concerne les dépenses de R&D au sens strict. Autrement dit, il s’applique lorsque l’entreprise tente de lever une incertitude scientifique ou technique : nouveaux algorithmes, nouveaux matériaux, essais expérimentaux, etc.

Toutes les entreprises, quelle que soit leur taille, peuvent en bénéficier. Le taux est attractif :

• 30 % des dépenses de R&D jusqu’à 100 millions d’euros ;
• 5 % au-delà ;
• et même 50 % dans les DOM.

C’est donc un levier puissant pour les entreprises industrielles, technologiques ou de services numériques qui mènent de vrais travaux de recherche.

Le CII, tremplin pour les PME

Le Crédit d’Impôt Innovation vise une cible plus précise : les PME au sens européen. Il s’adresse aux entreprises qui ne font pas forcément de R&D, mais qui conçoivent des prototypes ou installations pilotes de nouveaux produits.

L’idée est simple : encourager l’innovation de marché, celle qui améliore concrètement les produits mis à disposition des clients. On parle de performances supérieures en termes de fonctionnalité, de design, d’éco-conception ou d’ergonomie.

Le CII couvre les dépenses liées aux équipes de conception, aux prototypes, ou encore à certains frais de propriété industrielle (brevets, dessins et modèles). Il est plafonné à 400 000 euros de dépenses éligibles par an.

Ce qui a changé en 2025

La réforme entrée en vigueur cette année a introduit plusieurs ajustements majeurs.

CIR

• Fin de la bonification pour les jeunes docteurs.
• Fin de l’éligibilité des brevets et certificats d’obtention végétale (prise, maintenance, défense).
• Fin des dépenses de veille technologique.
• Baisse du forfait de fonctionnement sur les salaires de R&D, passé de 43 % à 40 %.

CII

• Prolongé jusqu’au 31 décembre 2027.
• Taux abaissé de 30 % à 20 % pour la métropole à compter du 1er janvier 2025.
• Maintien des taux bonifiés : 60 % dans les DOM, 35 % ou 40 % en Corse.

Ces changements modifient l’équilibre : le CII reste intéressant, mais moins généreux qu’auparavant. Quant au CIR, il demeure le dispositif phare, mais avec un périmètre légèrement réduit.

Dans quels cas opter pour l’un ou pour l’autre ?

• Votre entreprise mène de la vraie R&D : résolution d’un verrou scientifique ou technique, publications, prototypes expérimentaux complexes ? Le CIR est la voie royale. Son taux reste élevé, et son assiette n’est pas plafonnée.
• Vous êtes une PME qui développe un nouveau produit : un bien, y compris logiciel, mais pas un service ou un simple procédé, apportant des performances supérieures, sans aller jusqu’à la recherche scientifique ? Le CII est fait pour vous.
• Vos projets combinent R&D et innovation produit ? Vous pouvez cumuler CIR et CII, à condition de bien tracer les dépenses et de ne pas les faire entrer deux fois dans les deux dispositifs.

L’exemple du logiciel

Prenons un cas courant : le développement d’un logiciel.

• Si le travail consiste à résoudre un problème technique inédit – par exemple un moteur d’intelligence artificielle, ou un algorithme innovant de calcul – cela relève du CIR.
• Si vous êtes une PME qui met au point une application nouvelle avec une ergonomie ou une expérience utilisateur supérieure, mais sans percée scientifique, cela peut entrer dans le CII.

Points de vigilance

• Traçabilité : il est essentiel de documenter les projets (rapports, feuilles de temps, preuves d’essais).
• Sous-traitance : seuls les prestataires agréés ouvrent droit au crédit.
• Date charnière : attention aux dépenses engagées après le 15 février 2025, pour lesquelles les anciennes règles du CIR ne s’appliquent plus.
• Statut PME : pour le CII, les critères européens (effectifs, chiffre d’affaires, bilan) doivent être respectés.